Το ΕΚΚΑ λειτουργεί Ξενώνες και Καταφύγια καθώς η φιλοξενία βραχείας διάρκειας σε δομές προστατευμένης στέγασης είναι μία από τις σημαντικότερες υπηρεσίες του ΕΚΚΑ, με την οποία εξασφαλίζεται η ασφάλεια και η κάλυψη των βασικών αναγκών ατόμων και οικογενειών που αντιμετωπίζουν μία έκτακτη ψυχοκοινωνική κατάσταση ή επισφάλεια στέγης.

Στους Κοινωνικούς Ξενώνες του ΕΚΚΑ στην Αττική φιλοξενούνται άτομα και οικογένειες που αντιμετωπίζουν πρόβλημα στέγης συμβάλλοντας στην  εξασφάλιση του βασικού δικαιώματος της στέγης και την αποτροπή της κοινωνικής απομόνωσής τους. Στους ίδιους Ξενώνες φιλοξενούνται ασθενείς και συνοδοί ασθενών που έρχονται από περιοχές εκτός Αττικής για τη διενέργεια θεραπειών ή άλλων ιατρικών πράξεων στα Νοσοκομεία της πρωτεύουσας.

Τα Καταφύγια του ΕΚΚΑ σε Αττική και Θεσσαλονίκη προσφέρουν επείγουσα ή/ και βραχυπρόθεσμη προστατευμένη φιλοξενία σε γυναίκες ή μητέρες με τα παιδιά τους – θύματα βίας (κυρίως ενδοοικογενειακής ή εμπορίας ανθρώπων) ή σε άλλη ευάλωτη κατάσταση.

Κατά τη διάρκεια της φιλοξενίας, ειδικευμένο στελεχιακό δυναμικό παρέχει στους/στις φιλοξενούμενους/ες κοινωνική και ψυχολογική υποστήριξη ή/και διασύνδεση και συνεργασία με αρμόδιους φορείς, ανάλογα με τις εξατομικευμένες ανάγκες.

Ανάλογα με τον πληθυσμό που φιλοξενεί, κάθε Ξενώνας υλοποιεί προγράμματα και δράσεις όπως   ημερήσιο παιδαγωγικό πρόγραμμα για τα παιδιά προσχολικής ηλικίας, πρόγραμμα ενισχυτικής διδασκαλίας για τα παιδιά σχολικής ηλικίας, πρόγραμμα ενδυνάμωσης των γυναικών στο μητρικό τους ρόλο.